Le Conseil de bassin est né d’une préoccupation citoyenne pour la protection de la rivière du Cap Rouge. Par exemple, l’Union québécoise pour la conservation de la nature publiait en mars 1994 un « Plan de restauration et de mise en valeur de la rivière du Cap Rouge » avec la collaboration financière des anciennes villes de Cap-Rouge et de Sainte-Foy.
En 2001, des intervenants conviennent de créer un organisme sans but lucratif voué à la protection et à la mise en valeur de la rivière du Cap Rouge.
Ces démarches ont abouti en décembre 2003 à la tenue de l’assemblée générale de fondation du Conseil de bassin de la rivière du Cap Rouge (CBRCR).
Le Conseil de bassin est membre de l’Organisme des bassins versants de la Capitale depuis la création de cet organisme en 2009. Cette adhésion fait suite au redécoupage du Québec méridional par le ministère du Développement durable, de l’Environnement et des Parcs de l’époque, afin d’assurer l’implantation de la gestion intégrée de l’eau sur l’ensemble du territoire.
Le Conseil de bassin assure l’entretien des sentiers du parc linéaire de la rivière du Cap Rouge dans le cadre d’un partenariat financier établi avec la Ville de Québec depuis 2011.