Le territoire du bassin versant de la rivière du Cap Rouge s’inscrit dans un plus vaste territoire, celui des bassins versant de la Capitale, qui comprend les bassins versant du lac Saint-Augustin, de la rivière Saint-Charles, du ruisseau du Moulin, de la rivière Beauport ainsi que les trois bassins versants de petits tributaires du Fleuve Saint-Laurent. Tous ces bassins versants font partie du Plan directeur de l’eau (PDE) développé par l’Organismes des Bassins Versants de la Capitale (OBVC). Le PDE est un outil de planification qui permet de structurer le processus de gestion de l’eau. Il est constitué de deux principaux éléments soit : un portrait de l’état du bassin versant et d’un diagnostic des problèmes inhérents au milieu hydrique et aux milieux qui y sont associés.

Le diagnostic est une étude des problèmes réels ou potentiels liés à la ressource eau, aux écosystèmes et aux usages associés. L’objectif est de comprendre les problèmes, ainsi que leurs causes, ayant cours sur le territoire pour alimenter la réflexion portant sur la recherche de solutions durables.

Après le dépôt, en 2009, du « Portrait du bassin versant de la rivière du Cap Rouge », le CBRCR a participé à la réalisation du « Diagnostic du bassin versant de la rivière du Cap Rouge » réalisée par l’OBVC. Ce travail a notamment permis de souligner que la qualité de l’eau est nettement influencée par l’occupation du sol et la présence du réseau routier. De plus, à la suite des portraits agroenvironnementaux réalisés sur les fermes, il est plus que justifié de s’attarder en priorité à la problématique des coliformes fécaux et des concentrations de phosphore dans la rivière du Cap Rouge, afin de réduire les risques liés au contact avec l’eau. Il est nécessaire d’améliorer la qualité de l’eau pour protéger la faune ichtyenne et favoriser les usages et d’éviter que sa qualité ne se dégrade davantage.